A corrida de Moto3 começou com meia-hora de atraso por causa da forte chuva que se abateu sobre o circuito germânico mal terminou a prova da categoria rainha. Adrián Martín (JHK T-Laglisse), que tinha deixado claro na qualificação de sábado que se sentia cómodo com o asfalto muito molhado, saltou para a frente do grupo aquando da partida.
A liderança do valenciano durou até à segunda volta, altura em que foi superado pelo australiano Jack Miller e pelo gaulês Louis Rossi. Atrás rodavam também os pilotos da RW Racing GP, Luis Salom e Brad Binder, e o piloto da casa Jonas Folger (Iodaracing Project). Miller manteve-se na frente até meio da corrida, sempre ameaçado por Rossi, vencedor em Le Mans, e por Salom. Mas Cortese, que tinha perdido terreno depois de partida da pole, recuperou até ao grupo da frente.
No último terço o grupo perdeu o alemão Jonas Folger, que desistiu com problemas mecânicos na sua Ioda, e de Martin, que manteve as suas opções abertas até sete voltas do final quando perdeu o controlo da moto. Foi também nessa fase que o sul-africano Binder foi ao chão.
A quatro voltas do final foi a vez de Rossi cair e Cortese viu a oportunidade de se afastar definitivamente de Alexis Masbou (Caretta Technology). O alemão apresentou bons tempos para assegurar a segunda vitória da temporada, um triunfo conquistado em casa que lhe permitiu assumir a liderança do Mundial e que surge depois de também ter sido primeiro em Portugal. O gaulês Masbou assinou o segundo posto, o seu primeiro pódio mundialista ao cabo de 103 Grandes Prémios. Salom completou o pódio de Sachsenring, o quarto da época.
Depois de ter sido protagonista durante a primeira metade da corrida Miller terminou em quarto, à frente de Efrén Vázquez, Khairuddin, Faubel, Gruenwald, Sissis e Kornfeil, que completaram a lista dos dez primeiros. Maverick Viñales perdeu a liderança do mundial ao terminar em 17º, enquanto o português Miguel Oliveira, vindo de 31º da grelha, terminou em 19º.
